يُعدّ التشفير من أهم التقنيات المستخدمة لحماية المعلومات الصحية في الأنظمة الطبية الرقمية. وتعتمد هذه التقنية على تحويل البيانات إلى صيغة غير مقروءة للأشخاص غير المصرح لهم، بحيث لا يمكن فهمها دون استخدام مفتاح فك التشفير المناسب. تستخدم المستشفيات التشفير لحماية السجلات الطبية المخزنة في قواعد البيانات، وتأمين المعلومات التي تنتقل بين الأجهزة الطبية والخوادم، وتقليل احتمالية كشف بيانات المرضى عند اعتراض الاتصالات أو سرقة الملفات. ومع ذلك، لا يكفي التشفير وحده لتحقيق الحماية الكاملة؛ إذ يجب دعمه بإدارة آمنة للمفاتيح، والتحكم في صلاحيات المستخدمين، وتطبيق سياسات أمنية واضحة. ويساعد التكامل بين هذه الإجراءات على تعزيز سرية المعلومات الصحية وحماية خصوصية المرضى